Masyarakat di sekitar Desa Klagen, Panggung Kec. Barat Magetan mayoritas beragama Islam, maka perlu mendirikan Madrasah tempat pembinaan dan pendidikan agama. Maka Kepala   Desa   Klagen   mempunyai   ide   untuk mendirikan madrasah dan ide tersebut mendapat dukungan dari masyarakat.

Pada tahun 1970 didirikan PGA 4 Th. Pada tahun 1979 PGA 4 Tahun, alih fungsi menjadi  MTsN,  dalam  tahun  yang sama MTsN Klagen  direlokasi  ke  Lamongan. Walaupun direlokasi ke  Lamongan, masyarakat  tetap  berpendirian  agar  desa Klagen tetap ada lembaga pendidikan. Maka oleh Kepala Kantor Departemen Agama  Kabupaten  Magetan  di jadikan Filial MTsN  Temboro. 

Pada  tahun 1997 MTsN Filial Temboro mengajukan penegerian dan di setujui oleh pemerintah dengan SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 107 Tahun 1997   Dan berubah nama menjadi MTsN Karangmojo II. Pada tahun 2003 MTsN Karangmojo II mengusulkan pengadaan tanah dan pada tahun itu pula usulan diterima, Usulan pengadaan tanah tersebut berada di Desa Panggung Kecamatan Barat, serta pada tahun berikutnya tepatnya pada tahun 2004 mendapat RKB dan tahun 2005 juga mendapat satu gedung lagi.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 673 Tahun 2016 tanggal 17 November 2016 MTsN Karangmojo II beganti nama menjadi MTsN 6 Magetan beralamat di Desa Panggung Kecamatan Barat Kab. Magetan.

VISI DAN MISI

Adapun visi misi MTsN 6 Magetan di antaranya:

VISI :

"Terwujudnya pribadi muslim yang berakhlakul karimah, mandiri, serta unggul dalam bidang IMTAQ dan IPTEK”

MISI :

1. Menumbuh kembangkan sikap dan amaliyah keagamaan islam
2. 2.  Melaksanakan  pembelajaran  dan  bimbingan  secara  efektif,  sehingga  sikap  siswa dapat berkembang secara optimal sesuai dengan potensi yang dimiliki
3. 3.  Menumbuhkan  kemampuan  secara  intensif kepada  seluruh  warga  Madrasah  baik dalam prestasI akademik maupun non akademik
4. 4.  Mengembangkan  kemampuan  berbahasa  Arab  dan  Inggris  untuk  seluruh  warga madrasah
5. 5.  Membantu  dan  memfasilitasi  setiap  siswa  untuk  mengenali  dan  mengembangkan potensi dirinya sendiri sehingga dapat berkembang secara optimal
6. 6.  Menerapkan  inovasi  pembelajaran  yang  unggul  PAIKEM,  CTL  berbasis  Multiple Intlegence
7. 7.  Menerapkan manajemen partisipasif dengan melibatkan seluruh warga madrasah dan Komite Madrasah
8. 8.  Menerapkan manajemen pelayanan bermutu
9.  Menciptakan Madrasah yang aman, bersih dan indah